До назначения в 1994 году на должность министра внутренних дел Беларуси Юрий Захаренко работал следователем в Светлогорске, Гомеле, начальником следственного отдела, заместителем начальника управления внутренних дел Гомельского облисполкома (1977—1991), заместителем начальника Межрегионального управления по борьбе с организованной преступностью МВД СССР (1991—1992), начальником Следственного управления, затем Следственного комитета МВД Беларуси (1992—1994), министром внутренних дел Республики Беларусь (28 июля 1994 — 16 октября 1995).
28 июля 1994 года указом Лукашенко назначен Юрия Захаренко министром внутренних дел Республики Беларусь. 5 августа 1994 года ему было присвоено специальное звание генерал-майора внутренней службы.
Но уже 16 октября 1995 года Лукашенко отправил Юрия Захаренко в отставку с должности министра внутренних дел.
16 апреля 1996 года личным указом диктатора Захаренко был понижен в звании до полковника милиции и уволен из Министерства внутренних дел.
В феврале 1998 года Юрий Захаренко вошел в состав созданного демократическими организациями Национального исполнительного комитета, став в нем председателем Комитета по безопасности.
Генерал Юрий Захаренко бесследно исчез 7 мая 1999 года.
По официальной версии это случилось вечером в районе улицы Жуковского в Минске, когда он был похищен с применением насилия «неустановленными лицами» и увезен на легковом автомобиле в неизвестном направлении. По факту исчезновения экс-министра внутренних дел уголовное дело было возбуждено только 17 сентября 1999 года по признакам преступления, предусмотренного статьей 101 Уголовного кодекса. Свидетели похищения, которые были найдены не следственными органами, а общественной комиссией по поиску пропавшего генерала, утверждают, что Захаренко был насильственно увезен несколькими мужчинами.
За несколько лет до этого Захаренко был уволен со своей должности как не разделяющий точку зрения Лукашенко и его окружения. Генерал пользовался уважением в среде своих коллег, занимался созданием Союза офицеров. Поэтому его оппозиционная деятельность представляла особенную опасность для властей.
Многие в Беларуси и в мире считают, что его похитили по политическим причинам и, возможно, убили. Белорусские власти заявляют, что следствие еще не завершено и причины похищения Захаренко, как и его судьба, неизвестны.
В начале 2013 года появилась информация о том, что власти готовятся прекратить даже формальное расследование исчезновения оппозиционеров.
В 1999 — 2000 годах в Беларуси бесследно исчезли исполняющий обязанности председателя Верховного Совета Виктор Гончар, бизнесмен Анатолий Красовский, бывший глава МВД Юрий Захаренко и журналист Дмитрий Завадский. Впоследствии были обнародованы документы, в том числе рапорт заместителя министра внутренних дел Николая Лопатика, которые свидетельствовали, что с оппозиционными политиками и общественными деятелями расправился «эскадрон смерти». Приказы ему отдавало высшее руководство страны.
Международное сообщество считает, что к исчезновению Юрия Захаренко и других лидеров белорусской оппозиции причастны бывший министр внутренних дел Владимир Наумов, управляющий делами Лукашенко Виктор Шейман, бывший командир спецназа внутренних войск Дмитрий Павличенко и экс-министр внутренних дел Юрий Сиваков.